凝胶色谱法是六十年代发展起来的一种简便有效的分离分析方法，由瑞典科学家Flodin首先试制成交联葡聚糖(商品名Sephadex)，用于分离生物大分子取得了满意的效果。现今用来作为凝胶色谱填充剂的，如葡萄糖凝胶、琼脂糖凝胶、聚丙酰胺凝胶等，都是一种经交联而具有立体网状结构的多聚体，它们化学惰性，大多数具有极性基团，能吸收大量水分或其他极性溶剂。凝胶吸收溶剂后溶胀而在内部留下了孔隙，根据聚合时的交联度，使它具有一个排阻分子量的范围。在这范围以下的分子能自由渗透到凝胶颗粒内部的孔隙而被保留；在这范围以上的分子由于分子较大，不能渗透到颗粒内。被排阻在凝胶颗粒外，直接随洗脱剂流动而不被保留；介于大小分子之间的中等大小分子则以不同程度渗透到孔隙内部，以致有不同程度的保留。因此，用溶胀后的凝胶装入色谱柱中，采用一般的色谱方法，就能使分子量大小不同的物质因进入凝胶颗粒网状结构的能力不同而达到分离和纯化目的。根据它的分离机理又可以把凝胶色谱称为分子筛色谱、凝胶滲透色谱、分子排阻色谱和凝胶过滤等，虽然名称不一，但使用的技术是相同的。