虽然备受谴责和攻击，但是炼金术士们却也有很强大的防御能力来保护他们自己。首先，他们可以提供实验演示，采用分析和合成的方法来证明（即字面意义上的证明）他们的产品的真实性。理论方面，他们也努力证明其手段的合法性，从物质的本质而不是外观来论证天然物质和人工物质的等同性。因而，早在13世纪，在弗朗西斯·培根（Franqs Bacon）开始有关科学和技术的著述之前，远在机械论哲学兴起之前，炼金术土们就试图灌输一种思想，让人们相信人有真正的实力转变大自然。

       在这里，我们可以引用署名为“塔兰托的保罗”的方济会修士针对阿维森纳的《可恶的把戏》这本书所写的一篇标题为《理论与实践》的文章来证明。他在文中宣称，人类的智力赋予了人类对大自然的统治权，因而允许人对大自然进行操控。“塔兰托的保罗”借用第一性质和第二性质在学术角度的区别来为炼金术辩护。技艺仅适用于第二性质，诸如颜色、气味等，但它完全没有希望改变所操控物质的性质或本质；与此相反，有些技艺像医学、园艺和炼金术等直接作用于物质的主要性质，比如热、冷、湿、干，所以有能力转变所作用物质的性质或者本质，从而可以改变天然物种。此外，有的著述比如盖贝尔（Geber）的《赫尔墨斯之书》（The Book of Hermes）甚至进一步明确宣称，人类生产活动优于大自然的生产活动。在没有挑战公认的技艺模仿大自然这一智慧判断的情况下，该作者宣称模仿的成功在于人工物质复制了天然物质的本质属性。这是有可能的，因为技艺使用的是与大自然相同的手段和相同的过程，而且技艺的优点在于能够对天然模型加以改进。

       像炼金术这样的技艺，只有在人们能够诱导大自然产生通常它需要在不同状况下自行形成的事物的时候才有可能是真实的。农业是技艺的最好例子，在农业中，人们以更加富有成效地获得人工产品为目标，充分利用了大自然中的现象——谷物的生长和成熟。农业作为技艺的论证围绕亚里士多德的“四因说”展开，所以我们有必要花费一点时间解释什么是“四因说”。

       亚里土多德认为，对任何事物或现象的解释都需从四大原因考虑：质料因、动力因、形式因和目的因。以经典的大理石雕像为例来对这四个原因加以说明。质料因是指雕像由大理石构成，动力因是指用凿子作用于大理石块以塑造雕像，形式因是指艺术家在雕刻时头脑中所具有的雕像的形状，而目的因是指雕像的意图功用——装饰、喷泉或者其他功用。根据炼金术的亚里土多德“四因说”支持者的解释，人工产品与天然产品仅在动力因方面（或者生产该产品的动力形式）存在不同。以农业中的一块麦地为例，我们可以看出，质料因对于培植小麦和天然野生小麦而言是相同的，即指小麦本身。在两种情况中，小麦的形式因存在于小麦粒本身，而目的因是饲养动物（人工种植小麦则专门用于喂养人类或家畜）。因而，两种小麦唯一的不同是动力因，在人工种植小麦田中动力因是农夫而不是大自然。

       1619年，丹尼尔·森纳特（Daniel Sennert）出版了他的（亚里士多德化学和伽林化学的一致性与分歧》（De Chymicorum cum Aristotelicis et Golenicis unnelingconsensu at dissensu），他在书中称，炼金术士们转化金属所采用的步骤取自于大自然，所以金属在练金过程中发生了直实的转变。他也就“技艺不能将大自然结合在一起的东西拆分开来”这种经典异议作出了回应。持这种看法的人认为，关于帕拉塞尔苏斯三元素——盐、硫和汞，即使真的分离出这三种元素，它也必然是人工的产品而不可能与天然元素相同。森纳特在回应中说，动力因本身就是天然的，即使有工匠参与，我们也不应该盲目认同化学解决方案不是天然的这种武断的说法。这是因为，工匠的参与是通过火和热——森纳特所认为的自然因素实现的。尽管化学家实施的转变或许发生在使用人造火炉制造的人工容器中，但它们却遵循与大自然转变相同的途径。因而，化学家使用热和火是合乎大自然法则的，使用热和火的转变过程只不过是产生真正产品的大自然过程得到了控制和引导之后的形式。

       通过以上例子我们可以看出，炼金术士及其支持者是如何通过既着眼于质料形式的概念以及自然和手段之间的本体区别，而又不偏离亚里士多德传统，以确保炼金术或化学转变具有合法的哲学空间。虽然化学家们的目的是为了证实他们可以制造等同于天然物质的人工物质，结果这些化学捍卫者们也同时证实了实验方法和化学技术本身的合法性。17世纪的炼金术土和“化学术士”提倡的炼金术形成了当代欧洲人文文化不可分割的一部分，其特征是相信人类可以掌控大自然。这不只给予了批判者们及时的还击，一些思想家们甚至还认为炼金术土们可以效仿上帝的最高功绩，即利用化学来创造生命。