事实证明，孔德本人对化学缺乏尊重并未阻碍化学与实证主义之间形成强大的历史关联。有几个历史学家曾辩称，19世纪的法国化学家抵制原子理论是由于实证主义在法国产生了倒退的保守的影响。孔德实证主义在法国产生负面影响这种说法也被用来解释杜玛在其课堂中作的关于该主题的“有名的”原子论相关声明：

       如果我是上帝，我会将“原子”一词从科学中除，因为我确信原子超越了经验，在化学中我们应该永远不能超越经验。

       当然，确实有许多法国化学家不愿接受原子理论，但是从若干方面看，将其中的原因解释为孔德的影响还是没有说服力。我们已经几次提到，不甚直接的时代精神存在问题。首先，为何孔德的影响仅仅影响了化学家而没有影响物理学家或者其他科学家。再者，更重要的是，认为孔德影响了化学家对原子论的接受是源于两个误解：第一，对法国实证主义学说的错误解读；第二，对19世纪现代化学建构的错误陈述。

       首先讨论孔德的实证主义。我们感兴趣的问题有：正如奥古斯特·孔德在19世纪三四十年代所述的，实证哲学立场是否具有导致化学家否认原子真实存在性的这样一种本质？关于这个讨论主题，我们已经给出一些证据无法保证的关于元素和现实主义的哲学结论。前面引用的拉瓦锡的著名元素定义未必是反现实主义的，虽然对于物质世界终极构成组分的可获得性，它被冠以实证怀疑主义的称谓。这可以从两方面理解。首先，一个“元素”不会因为以实用为目的暂时被定义为分析所及的最后单元便不够真实。例如，拉瓦锡的热量（caloric），虽然它只可以测量而不能直接观察到热（heat）是一种热量效应，它总是与另一个物质而非热量本身相关，但热量对于拉瓦锡而言是非常真实的事物。第二，物质的终极构成不是因为它们尚且未知所以不是真实的。而且，孔德本人在19世纪30年代了解了化学家的原子论时已经对这个理论非常欣赏，他不但没有批判约輸·道尔顿的原子假说，反而对这个现代的天才理论大加赞赏。他把原子假说不仅看作是定比定律的延伸，而且也看作是一个化学版本的微粒说，孔德认为微粒说即便不能称为公理事实上也几乎是不言自明的。在他看来，微粒说是牛顿理论的保证，它把牛顿理论的有效性置于无可争辩的位置。事实上，孔德提出的化学计划是为了应对“基本粒子聚集的真实方式”问题。因而，孔德鼓励使用“假设的”粒子来对待化学中的组合问题，并且认为研究本身必定隐含“实体直接构成存在一定程度的不确定性”，这便要求化学家们在表示二元化合物形式的化学组合排列时可以利用这其中的自由，如果这样做有助于他们的研究工作。正是这个不确定性和理论自由把孔德引向了后来成为反现实主义化身的实证主义，但是孔德本人从来不是反原子论者，也基本不是反现实主义者。