孔德的哲学基于对人类思想演化故事的大胆叙述。孔德认为，在人类思想的发展进程中，人类精神是自然地从神学（虚构）状态发展到形而上（抽象）状态进而过渡到科学（实证主义）状态的。孔德的哲学既是对大规模历史阶段——关于人类对世界的思考方式始于文明之初然后发展到实证新时代的到来这段历史——的描述，又是对每个人可以观察到的思维的自然进展的一种描述。在《实证哲学课程》的开始，孔德描述了以下三种状态：

       神学状态，人类思想基本上把研究方向定位于“存在”的最内在本质，所有作用出现的始末原因，总之一句话，人类思想定位在绝对知识上，并把现象描绘成由超自然力量直接并持续作用的产物……

       形而上状态，超自然力量被抽象力量取代，认为抽象力量本身就能够造成所有观察到的现象，基于此形成的解释表现为每一个现象都分配有一个相应的实体。

       最后，实证主义状态，人类的思想认识到人类不可能获得绝对化的知识，于是宣布放弃寻找宇宙起源和命运以及现象的内在成因问题，转而通过推理和观察相结合的方法，完全致力于追求发现这些现象的作用规律，即它们之间水恒不变的自然演替和模拟关系。因而，对事实的解释还原到了事实一词的本义，只包括各种个体现象之间已经确立的关系以及几个一般性的事实，而这“几个一般事实”正好是科学发展趋向于进一步简化的。

       化学似乎属于孔德所描述的实证状态的模型科学。化学家相比任何其他科学家都更严厉地抨击理论猜测的危害，以及任何想要洞悉事物的最内在本质或者追寻现象的最初成因的自命不凡。的确，这种怀疑派思潮在化学历史中如此显著，以致人们很容易认为，在孔德为“实证主义”冠名之前，化学早已经发明了该词所代表的立场。“盐”这个化学概念就很好地说明某个化学概念是如何从形而上阶段过渡到实证阶段的。在17世纪，“盐”是单数不可数名词，用以指构成自然事物的物质性的一般要素。在18世纪，“Summa Perfectionis”开始使用复数形式，根据经验证据，“Summa Perfectionis”逐渐开始被理解为由酸性与碱性部分结合形成的化合物。因而，人们一旦开始从所涉及要素的关系而不只是从基本本质来考量物质实体的形成，这些要素的本质就自动从实体范畴转移到了关系范畴。

       拉瓦锡给出的元素定义是对孔德实证理念的一个更加清晰的阐释。把元素或者简单物质重新定义为分析的最后极限，这意味着化学不仅拒绝去探索大自然第一要素以便促进化学的进步，而且也明确排斥以往的形而上元素问题的处理方法。

       所有以元素的数目和本质为基础进行的讨论都完全属于形而上范围的讨论。只不过这样的讨论给我们带来了无数的问题，它们可以有一千种不同的解决方式，而其中没有一个（绝无可能）是与自然相一致的。所以我想在这个讨论主题上增加一点，如果我们想要用元素一词来表示那些简单而不可再分的构成物质的原子，那么关于这些原子我们极有可能什么也不知道。但是，如果我们用元素或者实体要素来表达分析能够达到的最终点这个概念，那么我们就必须得承认，元素即是可以通过任何手段来分解实体而还原得到的所有物质。

       按照既定传统，亲法派化学历史学家们引用上述元素的定义来标记现代化学的开始，而亲英派历史学家则基于17世纪玻意耳在其《怀疑的化学家》中给出的类似定义来确定现代化学的创始时间。不管现代化学的创始归功于谁，最重要的是开创一个摆脱了炼金术迷信重负的实证的、量化的实验科学。尽管如此，看一看孔德的著作，特别是在拉瓦锡的《化学元素》发表之后不到50年发表的《实证哲学课程》，我们不难看出，化学没有被给予一个值得骄做的地位，孔德将化学的主要灵感来源归功于其他科学，比如天文学，甚至生物学。他将化学批判为基本上属于描述性而非预测性的科学。事实上，他认为化学几儿乎不值得拥有科学这个称号，因为化学只不过是对事实的简单收集。有趣的是，在孔德看来，化学史仅有的可取之处是拉瓦锡、盖顿·得·莫尔沃、富科鲁瓦和贝托莱在1787年推出的新的命名系统，但即使这样也未能把化学提升到与其他实验科学同等重要的地位。