即使没有深入了解两种系统，我们也可以快速描述元素理论及其与原子理论之间的区别。在元素理论系统中，基本的“原质”被认为是以不可改变的特定性质为特征的实体。因而西西里阿克拉加斯的恩培多克勒描述的四个“根源＂（土、空气、火和水）因爱走到一起并因恨而分开。这些不朽的、永生的元素的首要功能是在不断变迁的世界中确保永久性，在不受限制的多样化环境中保持统一性。物质世界是这些元素以各种比例混合而产生的结果，就像是画家能够从调色板上的四个基础颜色调配出无穷无尽的各种颜色一样。然而，恩培多克勒也曾表示，四种元素存在以前，物质是由无数相同的微小实体组成，这个微小实体称为最小实体。恩培多克勒说的评论者们，其中包括亚里士多德，将这些“最小实体”称为”同实体单元”，强调所有部分都相似，而且把它们看作是构成元素的“原始”物质（与元素本身显然是不同的）。在亚里土多德看来，四种元素中每种元素都是由一个无形状实质底物（物质）与四个基本特质中两个特质的结合。因而，每种元素具象化两个特质：土是冷的和干燥的；水是冷的和潮湿的；空气是热的和潮湿的；火是热的和干燥的，不过每种元素有一个特质占据优势。将特质与没有任何所述性质的底物联系起来，这样亚里士多德的元素成为了这些特质的载体。火的特质是轻，因为它的本质是从世界的中心移开，而土的特质是重，因为其本质是移向世界的中心。换句话说，特质是元素固有的，所以当一个元素进入一个混合体时，将把其主导特质传递到该混合体。在下图这张照片中，我们确实不能像今天讨论构成水的氢和氧同样的方式来讨论“构成”亚里士多德混合体的元素。亚里士多德四元素中每种元素拥有至少一个绝对优势品质特质，比如土的绝对优势特质是干燥，火的绝对优势特质是热的等，混合体也拥有相同的特质，但是其程度必然会相对减弱。

       物质终极本质的元素说不时受到攻击，特别是来自原子理论拥护者们的攻击，原子理论形成于阿布得罗斯学校，并由伊壁鸠鲁及其最著名普及者卢克莱修重新表述。该学校的信徒们拒绝接受恩培多克勒提出的解释。

       卢克莱修在第一本书《物性论》中列出了不接受亚里士多德学说的四个主要原因：（1）学说假定即使没有空间也存在运动；（2）支持学说的哲学家们没有给出物质划分的限度，意味着随着不断深入划分物质世界最终必定会消失；（3）空气与土、水与火彼此互为对立面和敌人，意味着每种元素都应该消灭其对立面，所以它们不能确保物质的永久性；（4）最后也是最重要的一点，从土中产生空气和从空气中产生水的转变循环说明，所有类型的实体都可以产生所有其他实体，意味着没有什么东西真正有资格称为原质。因而，对于原子论者而言，物质世界仅由小数目的“基本”构成要素以各种不同比例组成是不可思议的。恩培多克勒曾经通过与画家的调色板作类比支持上述说法，即从四个基础颜色可以产生无限种色调，这恰好展现了物质世界最高程度的细微差别和多样性。而卢克莱修则认为，将这样一个学说系统应用于物质世界，只会产生由基本要素简单并置而成的各种不同物质的堆积，而不是界限分明的差异化实体。

       原子论者世界观把世界设想为由简单的同质物质组成，这些微小不可见的、永恒不变不可再分的固体单元分布在巨大的空隙中并不断进行着运动。组成物质世界的实体具有无限多样性，这是由于实体是由相互关联的原子以各种不同的方式排布而成，就好比我们可以通过不同组合形式排布有限数目的字母表中的字母而组成无限数目的文字一样。用字母表中的字母作比喻，表达出了原子论者的世界观与元素论者世界观之间存在三个主要不同点。首先，原子论者眼中的物理世界由离散的物质单元组成，它们彼此之间只在形式或者形状上不同，而性质或者本质没有不同，这点正好与元素论相反，所以在两种世界观中，因本体论的截然不同而导致产生不同形式的解释。然后，根据原子论者的观点，决定可感知实体的形成和性质的因素只有原子的形状和位置。所以，原子论者从不可见原子的连接、重量、冲击、遭遇以及运动等方面提供了机械力学上的解释。最后，以字母表作比喻还表明，原子间的组合受到某些规则或者规律的限制。而且，这些规律最终决定着我们感知到的世界的本质。

       原子论学说至少从我们使用的非常笼统的词汇来看似乎比元素论学说更接近现代，但是它也只不过代表可以用来解释大自然的一种方式，如果认为它从根本上是“正确的”，那么我们将会犯下一个很大的历史性错误。对于化学的历史，我们不应该反复思量谁对谁错，而如果从两种学说之间持续的对抗中去思考化学史反而将会收获更多。原子论学说认为存在最小的物质单元，即离散的同质粒子，认为所有可感知的特质最终可以简化成为原子的运动和原子间所采取的相互关联形式。元素论学说认为物质是连续而异质性的，并且是高度差异化的。第一个学说面向几何物理学，借助的是纯粹的机械力学上的解释，而第二个学说表明的则是定性物理学上的阐述，是一门“混合体”的科学而不是实体的聚集。

       在阐述了古代经典世界观的两种学说之间的区分之后，我们现在可以大胆提出一个问题：上述传统的世界观是否分别是两门现代学科，即物理学和化学的起始之源呢？