在色谱操作过程中，鉴定器有时受固定相流失及样品中的高沸点成分、易分解及腐蚀性物质的作用而被沾污，以至不能正常进行工作，因而提出了如何清洗鉴定器的问题，若沾污的物质仅限于高沸点成分，通常可将鉴定器加热至最高使用温度后，再通入載气，就可清除．使用有放射源的鉴定器时加热要多加小心，例如通常以氘源作成的电子捕获鉴定器一般都不能超过200℃，此外还应注意加热的温度不能损坏鉴定器的绝缘材料。
    如用加热法不适宜，也可以用纯的丙酮等溶剂从进样口注入（每次可注入几十微升）进行清洗，这在沾污程度较轻时是有效的。
    若以上方法都不能解决沾污问題，应将鉴定器卸下进行较彻底的清洗，先选择适宜溶剂，要既能溶解沽污物，又不损坏鉴定器，用注射器注入测量池进行清洗．若有条件，用超声波清洗就更理想些．要注意的是：清洗过的部分不能用手摸。
    将丙酮，乙醚，十氢萘等溶剂装满鉴定器的测量池，浸泡一段时间（20分钟左右）后倾出，如此反复进行多次至所倾出的溶液比较干净为止。
    当选用一种溶剂不能洗净时，可根据沾污物的性质先选用高沸点溶剂进行浸泡清洗然后再用低沸点溶剂反复清洗，洗净后，加热赶去溶剂，再装到仪器上，加热鉴定器，通载气冲洗数小时后即可使用。
    当活污不太严重时，可不必卸下清洗。此时只需要将色谱柱取下，用一根管子将进口与鉴定器联接起来，然后通载气并将鉴定器炉温升至1209℃以上，从进样口先注入20微升左右的蒸留水，再用几十微升丙酮或氟里昂（ Freon113等）溶剂进行清洗．在此温度下保持1－2小时检查基线是否平稳，若仍不满意可重复上述操作或卸下清洗。

    当沾污比较严重时，必须卸下鉴定器进行清洗。先卸下收集极，正极，喷嘴等．若喷嘴是石英材料制成的，先将其放在水中进行浸泡过夜．若喷嘴是不锈钢等材料做成，则可与电极等一起，先小心用细砂纸（300400＃）打磨，再用适当溶剂（浸泡如甲醇与苯1：1）也可用超声波清洗，最后用甲醇洗净，放置于烘箱中烘干．注意勿用含卤素的溶剂（如氯仿、二氯甲烷等）以免与聚四氟乙烯材料作用，导致噪声增加。

    洗净后的各个部件，要用镊子取，勿用手摸．烘干后装配时也要小心，否则会再度沾污．装入仪器后，先通载气30分钟，再点火升高检测室温度，最好先在120℃保持数小时之后，再升至工作温度。

       电子捕获鉴定器中有放射源，通常为H₃或Ni⁶³，因此要特别小心。

    先拆开鉴定器，用镊子取下放射源箔片，然后用2：1：4的硫酸、硝酸及水溶液洗鉴定器的金属及聚四氟乙烯部分．当清洗液已干净时，再用蒸馏水清洗，然后用丙酮洗，再置于100℃左右的烘箱中烘干。

     对H₃源箔片，先用己烷或戊烷淋洗，绝不能用水洗。废液要用大量水稀释后弃去

     对Ni⁶³源更应小心，绝不能与皮肤接触，只能用长镊子操作．先用乙酸乙酯加碳酸钠淋洗或用苯淋洗，再于沸水中浸泡5分钟，取出烘干，装入鉴定器中．装入仪器后通載气30分钟，再升至操作温度，几小时后备用。

    清洗剩下的废液要用大量水稀释后才能弃去。

       可根据沾污物的性质及鉴定器的特点，参照上述三种鉴定器的清洗方法进行清洗。

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